بخشی از خدمات مورد نیاز صاحبان کالا انبارش و نگهداری کالاها تا موعد مقرر در مکان‌های مورد نظر آن‌ها می‌باشد، با توجه به رویکرد این شرکت در ارائه زنجیره کامل خدمات لجستیک، با ایجاد انبار‌های سرپوشیده و روباز در نقاط مختلف و استفاده از منابع بومی در هر منطقه، این امکان را فراهم نموده تا صاحبان کالا علاوه بر استفاده از سایر سرویس‌ها، فارغ از نگرانی‌های امنیتی و شرایط نگهداری کالای خود را به شرکت نصر‌الرافدین بسپارند و در زمان مورد نظر در نقطه دلخواهشان تحویل گیرند.

مشکلات مرزی و همچنین تغییر قوانین گمرکی در ایران و سایر کشور ها باعث می‌شود تا اهمیت وجود انبار در نقاط مرزی دو چندان گردد، انبار‌های مختلف این شرکت در مرز‌های عراق و همچنین انبار‌های مرزی ایران که عموما تحت نظر گمرکات می‌باشد پرکاربردترین انبار‌های این شرکت می‌باشند. از سوی دیگر از جمله ویژگی‌هایی که نصرالرافدین در انبار‌های خود ارائه می‌نماید حفاظت از کالا و وجود تجهیزات تخلیه و بارگیری متناسب با هر محموله است. 

همچنین امکان ایجاد و ساماندهی انبار جهت یک پروژه یا یک مشتری به صورت ویژه نیز وجود داشته تا مشتریانی که نیاز به پخش مویرگی در عراق و انبارش کالا در عراق برای مدت معین یا سایر کشورها دارند به راحتی امکان همکاری برای آن‌ها وجود داشته باشد.